研究科の教育課程は、既存の文学研究科真宗学専攻が担ってきた研究・教育を基礎とした「基礎研究科目」と、現代の様々な問題に対応できる実践力の養成をはかる「専門研究科目」とで構成されます。
「専門研究科目」は、〈宗教実践活動に関わる分野（宗教実践分野）〉と〈社会実践活動に関わる分野（社会実践分野）〉に分かれます。

宗教実践分野

既存の文学研究科真宗学専攻が担ってきた文献学的・思想的研究と連携しつつも、それとは区別された宗教的実践活動に関する基礎的な理論と方法とを社会実践の立場より教育・研究する。過去の歴史における宗教的実践の具体的形態を研究し、その本質を学ぶことをも視野に入れつつ、主として、現代の情報化時代に対応するための新しい方法論と実践理論及び実践活動を研究します。

社会実践分野

仏教がもつ縁起的生命観にもとづく共生的社会の具現化のために、人権・平和・環境等の問題に関する幅広い知識・教養を修得し、また具体的展開としてビハーラ活動（仏教を基盤とした末期患者への精神的ケア）、カウンセリング、ボランティア、NPO活動、矯正・保護等の実践理論と現場実習を学ぶことを通じ、宗教が果たしうる社会実践のあり方について教育・研究します。

2つの分野での多面的・重層的な学修

「基礎研究科目」は、専門分野について視野を広げ理解を深めることを目的として開講します。そのために、異なった分野を専門研究領域とする複数の教員が担当する「実践真宗学総合演習I」と「実践真宗学総合演習II」を必修科目として位置づけています。また、高度な研究を遂行するための基盤を構築するために、「実践真宗学研究」及び「真宗教義学研究」を必修科目として履修し、さらに選択必修科目群から、各自の問題意識に沿った履修をすることで、総合的な研究を遂行するための基礎的学修をしていきます。