充実した教員のサポート体制により各年次毎の高い履修目標を達成します。
1年次では、自身の研究分野及び周辺分野についての基礎的知識を習得し、「宗教実践活動に関わる分野（宗教実践分野）」及び「社会実践活動に関わる分野（社会実践分野）」の専門的知識に関する視野を広げ理解を深めるために、「実践真宗学総合演習I（必修科目）」及び「実践真宗学総合演習II（必修科目）」を履修し、総合演習担当教員の指導のもとで、獲得した知識を自身の研究に展開するために必要な指導と助言を受けます。また、「実践真宗学研究（必修科目）」、「真宗教義学研究（必修科目）」及び、講義科目を履修することで、高度な研究を遂行するための学問基盤を構築します。
2年次では、「実践真宗学総合演習I（必修科目）」及び「実践真宗学総合演習II（必修科目）」で得られた基礎知識をもとに、自身が選択する課題にしたがって、「宗教実践演習I・II（選択必修）」か「社会実践演習I・II（選択必修）」を履修し、自身の研究に必要な指導と助言を受けます。さらに研究課題に関連する講義科目を履修することで、幅広い視野からの専門的助言を受けます。
3年次では、「宗教実践実習（選択必修）」か「社会実践実習（選択必修）」を履修し、「宗教実践演習III（選択必修）」か「社会実践演習III（選択必修）」を通じて、修士論文または特定の課題についての研究成果の作成に取り組みます。指導教員は、総合演習、実践演習I・II・III、実践実習といった授業科目を通じて学生の研究指導を行うほか、自身の研究室にて日常的に研究指導を行います。学生は、このような密度の高い3年間を通じた研究指導のもとで自身の研究に取り組み、修士論文又は特定の課題についての研究成果を完成させます。