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龍谷大学生物多様性科学研究センター 鄭琬萱博士・三木健教授・山中裕樹教授らの国際共同研究グループが環境DNA分析と生態系シミュレーションを統合した診断評価手法を開発


【本件のポイント】

  • 微生物は、有害物質の無毒化・植物への栄養供給・カーボンサイクルの維持などの観点で、生態系の土台となっている。
  • 生物多様性の喪失と生態系機能の劣化を独自のシミュレーションモデルによって予測することで、細菌の集団が担う生態系機能がどれだけ壊れにくいか(生態系レジリエンス)を定量的に診断・評価する技術を開発。
  • 自然環境以外に、農地や都市などさまざまな環境に応用可能な技術。生態系レジリエンスの長期モニタリングや自然環境保全地域・自然共生サイトの選定、および土地開発時の環境影響評価、TNFDレポートでのLEAPアプローチへの早期活用が期待される。

 

【本件の内容】
 有害物質の無毒化・植物の成長のための栄養供給・カーボンサイクルの維持などにとってかけがえのない微生物は、地球上のありとあらゆる環境で生態系の土台となっています。特に細菌は地球上で植物を除いて最も生物量の大きなグループであり、人間も含めた動物すべてを合わせた生物量の30倍近いカーボンを保持しています。細菌の絶滅については植物や昆虫・哺乳類などの大型生物の絶滅に比べると研究は進んでいませんが、森林から農地、農地から都市への土地改変等によって、局所的な絶滅や細菌叢の単純化の危険性が明らかになりつつあります。

 

 魚類・鳥類や昆虫などさまざまな生物に対する生物多様性評価に環境DNA技術が普及し始めています。しかし、それらの生物が生態系で担う役割までを推定することはなかなかできません。一方、環境微生物についてはDNA回収・同定技術だけでなく、膨大な種類の細菌の全ゲノムデータがすでに蓄積されています。そのため、「環境中にどんな細菌グループが存在するか?」を環境DNA技術で明らかにすれば、全ゲノムデータと生物情報学のツールを使って、「細菌叢は環境中でどのような機能を担っているのか?」まで推定することができるのです。

 

 しかし、「細菌叢は環境中でどのような機能を担っているのか?」までは推定できても、そのままでは経済活動や保全活動における意思決定プロセスに直接寄与することができません。そこで本研究では、生態系の現状を把握し、さらに人為的な開発の許容度や保全の必要性の優先順位の評価に資することを目指し、「生態系の壊れにくさ=生態系レジリエンス」という新しい着眼点での診断・評価方法の開発を進めました。

 

 本研究では、初めに、環境DNA情報・ゲノム情報・生物情報学のツールを用いた生態系機能推定が、細菌叢の担う生態系機能の定量化に有効であることを実験的に検証しました。次に、生物多様性が失われていくとともに生態系機能が劣化していく道筋を絶滅シミュレーションモデルによって予測することで、生態系の壊れにくさを診断する手法を開発しました。最後にこの診断結果に基づいて複数の生態系間で生態系劣化の程度を比較することで、壊れにくさの大小に基づいて環境評価をする提案を行いました。

 

 琵琶湖周辺での仮想例で説明すると(図1)、生態系の特性は場所ごとに大きく異なるため、同程度の種の絶滅が起きても、生態系の機能が劣化する程度は大きく異なります。本研究では、生態系の劣化レベルを、生態系機能を担う遺伝子の種類の減少という視点から定量化しました。

 


図1 生態系の壊れやすさをどのように診断するか?

 

 より具体的には、[細菌叢内の機能遺伝子数] = c×[単位分類群数(ASV数)]a という式であらわされる関数を用いて生物多様性と生態系劣化の程度についてのシミュレーション結果を近似し、指数aが大きいほど壊れやすく、aが小さいほど壊れにくい生態系であると診断します。つまり指数aは生態系の「レジリエンス指数」とみなすことができるのです。

 

 また、その適用例として、琵琶湖とその流入河川である姉川・愛知川・日野川・野洲川に開発した手法を適用したところ、生態系間でその壊れにくさは大きく異なり、琵琶湖が最も壊れやすい(=レジリエンスが低い)との診断結果を得られました(図2)。琵琶湖に流入する大小さまざまな河川にこの技術を適用すれば、たとえば琵琶湖の西側と東側でどちらの河川生態系が壊れにくいかの診断・評価が可能であると言えます。

 


図2 レジリエンス指数の琵琶湖及び4河川間の比較。無作為(ランダム)絶滅シナリオという
最も基本的な設定下での生態系シミュレーションの結果による。

 

【研究の経緯と今後の展開】
本研究は、2014年に細菌の集団が持つ多様な機能を数値化する新しい手法として提案されたアイデアを原点としています。当時、この手法は国立台湾大学海洋研究所の三木氏と愛媛大学沿岸環境科学研究センターの横川氏、近畿大学の松井氏の3者によって考案されました1。その後、この研究を2018年度から住友財団の環境研究助成を受けて発展させ、細菌の生態系における役割を定量化する新しい手法を開発しました。また、この成果を基にした三木氏・横川氏・松井氏による技術提案は、2023年7月に開催された「第8回滋賀テックプラングランプリ」で特別賞を受賞しています。さらに、生物多様性科学研究センターの客員研究員として龍谷大学に滞在していた鄭琬萱博士らとの共同研究を通じて、この技術を生態系の健全性を診断・評価するための方法として具体化しました。今回の論文は、その集大成ともいえる成果を発表したものです。

 

 この診断・評価方法の利用においては、大規模な測定装置や複雑な実験は全く必要ありません。まず、水域を対象とするのであれば一杯の水を、陸域を対象とするのであれば一掴みの土を採取して、最新の環境DNA技術を用いてそのなかの細菌叢の構成種を特定します。次に、構成種の特徴に応じて絶滅しやすさを設定し、細菌叢から多様性が失われていく過程でどれだけ細菌が担う機能が維持されうるかを生態系シミュレーションにより診断・評価することができます。この技術は自然環境だけではなく、農地や都市などさまざまな環境にそのまま応用可能で、サンプルを回収する地点数に応じて小規模な評価から大規模な評価まで大小さまざまなスケーリングが容易です。この技術は、生態系レジリエンスの長期モニタリングや、生物多様性保全区や自然共生サイトの選定、および土地開発時の環境影響評価TNFDレポートでのLEAPアプローチにおける診断(E)・評価(A)ステップにすぐに活用できると期待できます。

 

【謝辞】
本研究は、住友財団環境研究助成(2018年度)、日本学術振興会科学研究費(19H05667、 19H03302、 19H00956、 23H00538)、アレクサンダー・フォン・フンボルト財団奨学金の助成を受けて行われました。

 

【研究チーム】
国立台湾大学漁業科学研究所

(龍谷大学 生物多様性科学研究センター 客員研究員)  鄭 琬萱 博士 
龍谷大学 先端理工学部  三木 健 教授
龍谷大学 先端理工学部  山中 裕樹 教授
龍谷大学 理工学部 4回生  井戸 基博 氏(2019年度当時)
近畿大学 農学部 (龍谷大学 生物多様性科学研究センター 客員研究員)米谷 衣代 准教授
近畿大学 理工学部  松井 一彰 教授
国立研究開発法人海洋研究開発機構 超先鋭研究開発部門  横川 太一  副主任研究員
京都大学生態学研究センター  中野 伸一 教授

 

【発表論文】
英文タイトル:

                   Advancing Marker-Gene-Based Methods for Prokaryote-Mediated

                   Multifunctional Redundancy: Exploring Random and Non-Random 

                   Extinctions in a Catchment
和 訳:細菌が担う生態系の多機能性冗長性評価のためのマーカー遺伝子を用いた新

                  手法:ある流域におけるさまざまな絶滅シナリオを検討する

掲載誌:Freshwater Biology, Volume70, Issue3, March 2025, e70020 
U  R  L :https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/fwb.70020
著 者:Wan-Hsuan Cheng, Takeshi Miki, Motohiro Ido, Kinuyo Yoneya,

                  Kazuaki Matsui, Taichi Yokokawa, Hiroki Yamanaka, Shin-ichi Nakano

 

【問い合わせ先】
龍谷大学先端理工学部環境科学課程 教授 三木 健(みき たけし)
メール tksmiki@rins.ryukoku.ac.jp
URL https://sites.google.com/view/quantitative-ecology-lab/home/


【用語の説明】
環境DNA:河川や湖、土壌中、空気中などに生物の細胞片の中にあるDNAとして放出されている遺伝子情報。特に細菌などの単細胞生物の場合、DNAは生きた(細菌)細胞の中で安定して存在するため、少量の水または土壌の採取によって大量のDNAを回収することが可能である。

 

生態系シミュレーション:生態系のように大規模なシステムについては、直接人為的な操作を加える実験を行うことが非常に難しい。そのため、注目する特徴を十分に反映したシミュレーションモデルを作成し、コンピュータの中で生態系の変遷過程を追跡することが可能である。

 

生態系機能:主に経済学的指標である「生態系サービス」や、より包括的な概念である「自然がもたらすもの(NCP)」の土台となり、物質生産、水循環、カーボンサイクル、気候の安定化など地球環境の安定的維持に不可欠なプロセスを担う生態系のはたらきのこと。

 

レジリエンス指数:これは本プレスリリースにおいて研究の内容を分かりやすく解説するための便宜的な名前であり、生物多様性・生態系研究においては、生態系の多機能冗長性(Multifunctional Redundancy)と呼ばれている。ここでは指数aの値が大きいほど冗長性(類似した機能を持つ代替種が存在する可能性)が低く、壊れやすい~すなわちレジリエンスの低い~生態系であると診断できる。

 

TNFDレポート:TNFDとはTaskforce on Nature-related Financial Disclosures (自然関連財務情報開示タスクフォース)の略称である。TNFDが2023年9月に提案した情報開示の枠組みに沿って公開された各企業の報告書はTNFDレポートと呼ばれる。


【参考文献】
1. Takeshi Miki, Taichi Yokokawa, Kazuaki Matsui (2014) Biodiversity and multifunctionality in a microbial community: a novel theoretical approach to quantify functional redundancy. Proceedings of The Royal Society B 281: https://doi.org/10.1098/rspb.2013.2498

 

2. Wan-Hsuan Cheng, Chih-hao Hsieh, Chun-Wei Chang, Fuh-Kwo Shiah, Takeshi Miki (2022) New index of functional specificity to predict the redundancy of ecosystem functions in microbial communities. FEMS Microbiology Ecology 98:1-9 https://doi.org/10.1093/femsec/fiac058
 


配信元
龍谷大学 研究部(生物多様性科学研究センター)
Tel 075-645-2184 e-mail ryukoku.biodiv@gmail.com  https://biodiversity.ryukoku.ac.jp/

 

近畿大学奈良キャンパス学生センター 本藤・松本

Tel: 0742-43-1639     FAX: 0742-43-5161    

e-mail: nou_koho@ml.kindai.ac.jp

 

京都大学生態学研究センター 進藤 健司(総務)
Tel:077-549-8200 e-mail:shindoh.kenji.5u@kyoto-u.ac.jp

 

海洋研究開発機構 海洋科学技術戦略部報道室
Tel: 045-778-5690 e-mail:press@jamstec.go.jp


2025年2月26日・27日、政策実践・探究演習(国内)話し合い創造プロジェクト(担当:只友景士教授)の2024年度第2回合宿が京丹後市大宮町にて実施され、6名の学生が参加しました。今回は実際に参加した受講生がその様子をお伝えします。

今回の合宿では、京丹後市名産である丹後ちりめんの工場を見学し、地域の方から話を聞くことで、織物と織物が大宮町や京丹後市の地域経済や地域社会をつくりあげてきたことを学びました。2日間を通して京丹後市と丹後ちりめんに対する興味が深まりました。


ちりめんの作業工程を見て触れる


糸問屋を営まれている吉岡様から話を聞く様子


1日目は、実際にちりめんを織っている工場を見学することで、見て触って丹後ちりめんとはどのようなものなのか学びました。特に織物でよく使われる言葉「たていと」と「よこいと」はそれぞれ漢字で「経糸」「緯糸」と表すことから、織物は地図なのだ。という言葉には学生も先生も関心しきりでした。
また、糸問屋を営まれている吉岡様からは、丹後ちりめんの歴史と現在について、丹後ちりめんに欠かせない生糸について話をお聞きしました。現在はピークから20年を経て、1ヶ月の生産量は10分の1まで減少しているという現実を知る事が出来ました。ピーク時には組合の年間予算が某県の年間予算よりも多いほどだったそうです。


精錬過程について話を聞く様子


実際の精錬過程


2日目は、丹後織物中央加工場で丹後ちりめんにおいて重要な工程である精錬を見学しました。加工場内は丹後織物中央加工場の西田様に各工程についてや丹後ちりめんについてクイズを交えながら説明していただきました。精錬の過程を見学した際には、西田様の説明に加えて釜の湯気や匂いも実際に感じることができました。そして最後にはワークショップとして、丹後ちりめんの端材を使ってマグネット・缶バッジの作成を行いました。


見学後のワークショップ


(文責:政策学研究科修士課程 森川直浩)


 社会学部『社会共生実習(いくつになっても、出かけられる!~高齢者を元気にする介護ツアー企画~)』(担当教員:現代福祉学科 准教授 高松智画)では、介護が必要な高齢者に楽しんでもらえる日帰りツアーの企画から実施までを目標としており、これまでに高齢者への聴き取りなどを通じて、交通、生活環境、日常生活などで感じる高齢者ならではの「困りごと」について考察し、それらを踏まえて、どういった内容であれば「困りごと」を忘れて楽しんでいただくことができるか、試行錯誤してきました。


聴き取りの様子はこちらの写真をクリック⇑

 本プロジェクトの受講生たちは、ツアーを企画するにあたり、現地に何度も足を運んでバリアフリーの状況の把握やトイレの設置場所と広さの確認など、介護・介助に必要な情報を集約し、当日までに役割分担やツアースケジュール確認のための打ち合わせ、車いす操作の練習をおこないました。
 また、参加希望者には事前面談をおこない、移動や食事、トイレの使用などにおいてどのような配慮や介助が必要であるかなどを確認し、不安がないよう努めました。

 そうした準備を経て、このたび、動物園での楽しい思い出と、苔玉作りで手作りの癒しアイテムを持ち帰れる体験を通じて自然や人とのつながりを感じることができる体験型介護ツアー「動物とのふれあいと創造でつながる旅」を3/9(月)に実施する運びとなりました。

 当日、まずは京都市動物園で集合しました。
 1名の方が急なご都合変更のため、お昼からの参加となることがわかったり、学習目的のための入園には費用がかからないことがわかり、急遽受付で申請したりと、ツアー直後から計画変更を余儀なくされる場面がありましたが、余裕をもったスケジューリングをしていたため、事なきを得ました。
 京都市動物園では、歩行器を利用していただいたり、頃合いで車椅子に乗っていただいたりして、参加者の方おひとりずつのペースに合わせてゆっくり移動しました。散策している中で「爬虫類は興味ないのよ~!」などといったお話が出た際には柔軟に対応し、各々に合わせた動線で動物を見て回りました。


高齢者のペースに合わせて園内を巡ります


大きなカバの前でダブルピース!

 最後に出口で集合写真を撮影したのち、介護タクシーを利用して昼食会場まで移動しました。


みんなで記念撮影


介護タクシーでもきちんと介助します

 昼食会場では、参加者の方々と同じメニューをいただき、談笑しました。参加者の方々を安全にサポートする任務を半分終えて、受講生らもホッと一息ついた様子でした。


昼食メニュー!とても美味しそうです


一緒に昼食を食べてホッと一息

 食事を済ませると、次の工程となる苔玉作り体験の会場へ移動しました。
 ここでは「株式会社 花工房」の講師を会場に招いて、京都の伝統工芸・京組み紐にみたてた飾り紐を巻きあげ、「てまり」のように仕上げた「生命花手毬」作りを参加者の方々に体験いただきました。


作り方を教えてもらって…


土を綺麗に整えて…


受講生も一緒に協力して…


上手にできました!

 受講生らも手伝って、世界にひとつだけの思いづくりを楽しんでいただきました。

 後日、受講生らはツアーの振り返りと参加された皆さまへの記念品作りのため、集まりました。
 記念品には受講生から参加者の方々への想いが込められました。


たくさんの写真に思い出がいっぱいです


どんなものにするか相談中…


丁寧に作業します


想いをこめて仕上げます

 プロジェクト活動を終えて、受講生らからは、次のような感想や意見が述べられました。
「自分から話すことが苦手だったが、受講生全員が話さなくてはいけない機会が多々あり、そのおかげで話せるようになったと思う。まだ物怖じはするものの、グループ内での役割分担があったので、自分に割り振られた役割への責任を果たすために行動し、その結果、成長できたように思う。」
「いろんな人と連携してやっていくのが初めてだったので、すごい新鮮だったし、成長できたなという感じがある。」
「高齢者の方は聞こえづらい方が多いので、上手く伝わるように大きな声で話したりゆっくり話したりする癖がついた。話し方を意識するようになった。」
「最後お見送り時に参加者の方から『楽しかったよ』と言われたことがとても嬉しかった。」

 本プロジェクトは、担当教員の退職にともない、今年度が最後となりました。今回も参加者の皆さまが無事に過ごされ、楽しんでいただくことができ、当初の目標を達成することができました。この日のことが参加者の皆さまや受講生の今後に良い影響を及ぼすことを切に願っています。

社会学部「社会共生実習」について、詳しくはこちらの【専用ページ】​をご覧ください。


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